Ailesi aslen Samsunlu olan İlker Canikligil, 1972 yılında İstanbul’da dünyaya geldi. 1991 yılında Saint-Joseph Fransız Lisesi’nden mezun olduktan sonra, 1992 yılında Marmara Üniversitesi Sinema ve Televizyon bölümüne girdi. Üniversite eğitimini sürdürürken 1992 yılında Nöbetçi, 1994 yılında Ağaç ve 1995 yılında Uçmak İstiyorum isimli üç kısa film çekti. Üniversite eğitimini tamamladıktan sonra reklam sektöründe çalışmaya başladı.
1999 yılında İstanbul Bilgi Üniversitesi Sinema ve Televizyon bölümünde ders vermeye başladı. 2005 yılında kurgucu Walter Murch’ün The Blink of An Eye (Göz Kırparken) isimli kitabını Türkçeye çevirdi. 2006 yılında akademiden istifa etti, aynı yıl Ecinniler isimli dizinin pilot bölümünü yönetti ve kurgusunu yaptığı Gen filmiyle 13. Altın Koza Film Festivali’nde En İyi Kurgu ödülünü aldı. 2007 yılında Dijital Video ile Sinema isimli bir kitap çıkardı. 2006’dan bu yana reklam yönetmeni olarak çeşitli ajanslarda çalıştı. 2010-2014 yılları arasında Bahçeşehir Üniversitesi Fotoğraf ve Video bölümünde sinematografi dersi verdi. 2014 yılında İstanbul Film Akademi’de yönetmenlik dersleri vermeye başladı 2019 yılında ise İstanbul Film Akademi’den ayrıldı ve Youtube kanalı FluTV’de içerik üretmeye başladı. Sanatçının eserleri online sergilerde satışa sunulmaktadır.
